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Confronté aux atrocités nazies commises au Maquis des Manises où il a été responsable de la Mission Citronnelle, c'est là qu'il aurait acquis la conviction que la torture est le propre des régimes totalitaires.
Jacques de Bollardière est le seul officier supérieur à avoir condamné ouvertement l'usage de la torture pendant la guerre d'Algérie : il dénonce à ses chefs « certains procédés » pratiqués par une partie de l'armée française dans la recherche du renseignement lors de la guerre d'Algérie2. Sa prise de position publique (dans L'Express) lui vaut une sanction de soixante jours d’arrêt de forteresse, le 15 avril 1957, à La Courneuve3,2.
Il écrit quelques années plus tard : « Je pense avec un respect infini à ceux de mes frères, arabes ou français, qui sont morts comme le Christ, aux mains de leurs semblables, flagellés, torturés, défigurés par le mépris des hommes ». Il soutient Jean-Jacques Servan-Schreiber dans sa dénonciation de la torture.
« La guerre n’est qu’une dangereuse maladie d’une humanité infantile qui cherche douloureusement sa voie. La torture, ce dialogue dans l’horreur, n’est que l’envers affreux de la communication fraternelle. Elle dégrade celui qui l’inflige plus encore que celui qui la subit. Céder à la violence et à la torture, c’est, par impuissance à croire en l’homme, renoncer à construire un monde plus humain. »
Relevé de son poste, il est ensuite nommé adjoint du général commandant supérieur des forces armées de la zone de défense AEF-Cameroun puis à Coblence, en Allemagne, des postes honorifiques qui l'éloignent du commandement. Il démissionne au moment du putsch des Généraux (avril 1961), n'ayant pu obtenir de poste en Algérie, comme il le souhaitait.
Il déclare à cette occasion : « le putsch militaire d’Alger me détermine à quitter une armée qui se dresse contre le pays. Il ne pouvait être question pour moi de devenir le complice d’une aventure totalitaire. »